热带医学院有教学、科研及行政管理部门共22个，分别为：

一、医学检验专业教研室7个：临床检验学教研室、血液学检验教研室、临床生物化学与分子生物学教研室、临床病原生物学检验教研室、临床免疫学检验教研室、实验诊断学教研室、检验仪器与实验室管理学教研室。

二、环境科学专业教研室2个：环境生态与健康教研室、环境污染与控制教研室。

三、卫生检验与检疫专业教研室2个：卫生检疫教研室、卫生分析化学检验教研室。

四、教学专业实验室1个：教学实验中心。

五、科研实验室6个：教育部热带转化医学重点实验室、国家卫健委热带病防治重点实验室、热带生物医学技术实验室、二级生物安全实验室、热带分子药理与微纳诊断创新重点实验室、海南省热带医学院士工作站。

   六、行政部门4个：党政办公室、教研办公室、学生工作办公室、团委。