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（1）海南本土自然疫源性热带病分子流行病学研究：开展对海南重要动物宿主、媒介节肢动物及动物种质资源携带病毒、细菌、立克次体及寄生虫等病原的病原谱进行分子流行病学研究，了解海南自然疫源性热带病及其病原谱本底，探讨病原体在海南自然界存在的种类、多态性、与生态环境变化关系以及对人类潜在的威胁。

（2）临床疑似热带病症候群携带病原的分子流行病学研究：开展对海南不明原因的发热、腹泻、发热伴出疹、发热伴出血等疑似热带病症候群患者样本携带病原的分子流行病学研究，获得海南疑似热带病症候群病原谱特征。